Farklı inanç ve kültürlere mensup insanların yüzyıllardır bir arada yaşadıkları, medeniyetlerin buluşma noktası İstanbul’da kurulmuş olan üniversitemiz, özgün araştırmalarla insanlığın bilimsel birikimine katkıda bulunmayı ve bunu sağlayabilmek için yetkin araştırmacı ve bilim insanları yetiştirmeyi hedeflemektedir.İstanbul 29 Mayıs Üniversitesi, Edebiyat Fakültesi çatısı altında, 2010-2011 akademik yılında Felsefe, Tarih ve Türk Dili ve Edebiyatı programlarına öğrenci alarak eğitim öğretim faaliyetlerine başlamış; 2012- 2013 akademik yılından itibaren aynı bölümlere yerleştirilen öğrenciler için Zorunlu İngilizce Hazırlık Sınıfı açılmıştır. 2014-2015 akademik yılında ise Psikoloji, Mütercim-Tercümanlık (İngilizce) ve Mütercim-Tercümanlık (Arapça) programları açılmış ve bu yıl itibarıyla Edebiyat Fakültesi lisans programlarının öğrenim dili kısmen (en az %30) İngilizce olmuştur.Üniversitemiz İlahiyat Fakültesi, Uluslararası İslam ve Din Bilimleri Fakültesi adıyla, 2011-2012 akademik yılında öğrenim dili kısmen (en az % 30) Arapça olan İslam ve Din Bilimleri Programına öğrenci alarak eğitim öğretim faaliyetlerine başlamıştır. 2012-2013 akademik yılında “Uluslararası İlahiyat Programı”na da öğrenci alınmış olup bu programlara yerleştirilen öğrenciler için Zorunlu Arapça Hazırlık Sınıfı uygulanmaktadır. 2011-2012 akademik yılından itibaren fakültemizin Zorunlu Arapça Hazırlık Sınıfını başarıyla tamamlayan fakülte öğrencilerimiz, misafir öğrenci olarak çeşitli dersler almak ve Arapçalarını geliştirmek amacıyla iki aylık bir program dâhilinde Ürdün’ün önde gelen üniversitelerine gönderilmiştir.İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, 2013-2014 akademik yılında öğrenim dili İngilizce olan Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler Programına öğrenci alarak eğitim öğretim faaliyetlerine başlamış olup bu programa yerleştirilen öğrenciler için Zorunlu İngilizce Hazırlık Sınıfı oluşturulmuştur. 2014-2015 akademik yılında ise Ekonomi (İngilizce) ve Sosyal Hizmet (Türkçe) programları açılmış ve ilk öğrenciler kabul edilmiştir.Eğitim Fakültesi, 2019-2020 akdemik yılında Türkçe ve Sosyal Bilimler Eğitimi Bölümü bünyesinde öğrenim dili Türkçe olan Türkçe Öğretmenliği Lisans Programına öğrenci alarak eğitim öğretime başlayacaktır. Öğrencilerin alanlarına göre ihtiyaç duyacakları yabancı dilleri iyi düzeyde öğrenebilmeleri için İstanbul 29 Mayıs Üniversitesi bünyesinde Yabancı Diller Yüksekokulu, Sürekli Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi (29 MAYIS SÜREM), Türkçe Öğretimi Uygulama ve Araştırma Merkezi (29 MAYIS TÜRÖMER) ve Arapça Öğretimi Uygulama ve Araştırma Merkezi (29 MAYIS ARÖMER) açılmış olup bu merkezlerde dil öğrenimi, bilimsel ve mesleki gelişim için uygun ortam ve programlar oluşturulmaktadır.Üniversitemiz bünyesinde Kur’an-ı Kerim Araştırmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi (KURAMER), Psikoloji Uygulama ve Araştırma Merkezi (29 MAYIS PAMER) ve Ekonomik ve Finansal Sistemler Uygulama ve Araştırma Merkezi (29 MAYIS EFSAM) faaliyetlerini sürdürmekte olup bilimsel araştırma ve yayın konusunda uğraş alanlarımızı çeşitlendirmek ve daha kapsamlı çalışmalar yapabilmek için yakın gelecekte başka araştırma ve uygulama merkezlerinin kurulması da planlanmaktadır.İstanbul 29 Mayıs Üniversitesi bütün mezunlarına hayatın ve mesleğin gerekleri olan donanımı sağlamayı vazgeçilmez bir görev saydığı gibi, istekli ve yetenekli gençlere daha lisans aşamasında iken lisansüstü öğrenime hazırlanma imkânları sunmayı hedeflemektedir. Geleceğin akademisyenlerinin yetiştirilmesinde önemli bir paya sahip olabilmek için üniversitemiz, Sosyal Bilimler Enstitüsü bünyesinde Felsefe, Tarih, Türk Dili ve Edebiyatı, Çeviribilim, Ekonomi ve Finans, Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler ve Temel İslam Bilimleri alanlarında lisansüstü programlar açmış ve öğrenci kabul etmiştir. Öte yandan eğitim öğretim ve bilimsel araştırma konularında belirlenen hedeflere ulaşabilmek için yurt içi ve yurt dışındaki saygın üniversiteler ile iş birliği yapılmaktadır.