Üniversitemiz 11.07.1992 tarih ve 21281 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 3837 SayılıKanunun 25’inci ve 28.03.1983 tarihli ve 2809 sayılı Yükseköğretim Kurumları TeşkilatKanununa eklenen Ek-17 maddesiyle kurulmuştur. Rektörlüğe bağlı olarak kurulan yeni FenEdebiyat Fakültesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Ziraat Fakültesi, Veteriner Fakültesi, SuÜrünleri Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ile Çukurova Üniversitesine bağlıAntakya Eğitim Yüksekokulunun fakülteye dönüştürülmesi ile adı ve bağlantısınındeğiştirilerek Rektörlüğe bağlanmasından oluşturulan Eğitim Fakültesi; yeni Turizmİşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu, Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu ile ÇukurovaÜniversitesine bağlı iken bağlantıları değiştirilerek rektörlüğe bağlanan Antakya MeslekYüksekokulu, İskenderun Meslek Yüksekokulu ve Sosyal Bilimler Enstitüsü, Fen BilimleriEnstitüsü ile Sağlık Bilimleri Enstitüsü çerçevesinde 7 Fakülte, 2 Yüksekokul, 2 meslekyüksekokulu ve 3 Enstitü olmak üzere 14 birim ile kurulmuştur.Sağlık Bakanlığından Çukurova Üniversitesine devredilen Dörtyol ve İskenderun SağlıkHizmetleri Meslek Yüksekokullarından İskenderun Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu1992 yılında, Dörtyol Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ise 1993 yılında üniversitemizeaktarılmıştır. Yine Çukurova Üniversitesine bağlı olarak kurulmuş olan Dörtyol MeslekYüksekokulu 1993 yılında üniversitemize devredilmiştir. Daha sonra 1994 yılında Kırıkhan,Reyhanlı ve Samandağ Meslek Yüksekokulları kurulmuştur.1995 yılında bölgenin ve ülkenin sağlık sorunlarına çözüm arayışı kapsamında Tıp Fakültesi(2001 yılında ismi “Tayfur Ata Sökmen Tıp Fakültesi” olarak değiştirilmiştir) ve havacılıksektörüne katkı sağlayacak İskenderun Sivil Havacılık Yüksekokulu kurulmuştur. Aynı yılGüzel Sanatlar Fakültesinin ve Yayladağı Meslek Yüksekokulu’nun kuruluşu dagerçekleşmiştir.2005 yılında ülkemizin sanat kurumlarına müzik ve sahne sanatları alanlarında besteci, icracı,sanatçı yetiştirmek amacıyla İskenderun Mustafa Yazıcı Devlet Konservatuvarı kurulmuştur.2008 yılında mevcut bulunan Mühendislik Mimarlık Fakültesi kapatılarak MühendislikFakültesi ve Mimarlık Fakültesi isimleriyle iki ayrı fakülte olarak kurulmuştur. Üniversitemizile iş dünyasının etkileşimi sonucunda iş dünyasının ara eleman ihtiyacına cevap verecek başkameslek yüksekokulların kurulması kararlaştırılmış ve Altınözü, Belen, Harbiye, Hassa ve HataySağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokullarının kuruluşları tamamlanmıştır.2009 yılında Fizik Tedavi ve Rehabilitasyon Yüksekokulu, Turizm ve Otelcilik ile ErzinMeslek Yüksekokulları, 2010 yılında Diş Hekimliği ve İletişim Fakülteleri, 2011 yılındaBilişim Teknolojisi Yüksekokulu ve Payas Meslek Yüksekokulu, 2012 yılında ise TeknolojiFakültesi ile Barbaros Hayrettin Denizcilik Fakülteleri’nin kuruluşları tamamlanmıştır.2012 yılında Su Ürünleri Fakültesi’nin ismi Deniz Bilimleri ve Teknolojisi Fakültesi olarak,Harbiye Meslek Yüksekokulunun ismi Sanat ve Tasarım Meslek Yüksekokulu olarakdeğişikliğe uğramıştır. Akabinde İlahiyat Fakültesi, 31.05.2013 tarihli Resmi Gazeteyayınlanarak kurulmuştur.Yükseköğretim Kurulu Başkanlığı; 20.02.2014 tarihinde, Üniversitemiz bünyesindeki MeslekYüksekokulların yapılandırılmasına ilişkin birtakım kararlar alınmıştır. Buna göre AltınözüMeslek Yüksekokulu’nun adının Altınözü Tarım Bilimleri Meslek Yüksekokulu olarakdeğiştirilmesi, Erzin Meslek Yüksekokulu’nun adının Erzin Teknik Bilimler Meslek 2/2Yüksekokulu olarak değiştirilmesi, ,Reyhanlı Meslek Yüksekokulu’nun adının Reyhanlı SosyalBilimler Meslek Yüksekokulu olarak değiştirilmesi, Yayladağı Meslek Yüksekokulu’nunadının Yayladağı Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu olarak değiştirilmesi kararlarının yanısıra; Turizm ve Otelcilik Meslek Yüksekokulunun, Payas Meslek Yüksekokulunun ve BelenMeslek Yüksekokulunun fiziki altyapısının uygun olmaması nedeniyle kapatılması kararıalınmıştır.23 Nisan 2015 tarihli 29335 sayılı Resmi Gazete ile üniversitemizin kurum yapısı değişmiş veÜniversitemizden ayrılan bazı birimler ile İskenderun Teknik Üniversitesi kurulmuştur. Bukapsamda; Mühendislik Fakültesi başta olmak üzere, Barbaros Hayrettin Denizcilik Fakültesi,Teknoloji Fakültesi, Deniz Bilimleri ve Teknoloji Fakültesi, Sivil Havacılık Yüksekokulu,Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu, Mustafa Yazıcı Devlet Konservatuvarı,Denizcilik Meslek Yüksekokulu, Dörtyol Meslek Yüksekokulu, Erzin Teknik Bilimler MeslekYüksekokulu, İskenderun Meslek Yüksekokulu, İskenderun Teknik Üniversitesinin birimiolarak Üniversitemizden ayrılmıştır.Ayrıca 08.02.2016 tarihinde Mustafa Kemal Üniversitesine bağlı olarak Antakya DevletKonservatuvarı, 08.04.2016 tarihinde Yabancı Diller Yüksekokulu ve 01.11.2016 tarihindeTurizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu kuruluşları Resmi Gazetede yayımlanmıştır.2809 sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanunu Ek 17. Madde ile Mustafa KemalÜniversitesi adıyla kurulan Üniversitemiz, 18 Mayıs 2018 tarihli ve 30425 sayılı ResmiGazete’de yayımlanan 7141 sayılı Yükseköğretim Kanunu ile Bazı Kanun ve Kanun HükmündeKararnamelerde Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun uyarınca Hatay Mustafa KemalÜniversitesi şeklinde değiştirilmiştir.02 Ağustos 2019 tarihli ve 30850 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 1385 sayılıCumhurbaşkanı Kararı uyarınca Üniversitemiz bünyesinde bulunan Hatay Sağlık Yüksekokuluile Fizik Tedavi ve Rehabilitasyon Yüksekokulu kapatılmıştır. Aynı Karar ile ayrıca SağlıkBilimleri Fakültesi kurulmuştur.10/10/2019 Yükseköğretim Genel Kurulu toplantısında alınan karar uyarınca İskenderun SağlıkHizmetleri Meslek Yüksekokulu kapatılmış olup, aynı tarihte Kırıkhan Sağlık HizmetleriMeslek Yüksekokulu kurulmuştur.19/12/2019 tarihli Yükseköğretim Genel Kurulu toplantısında alınan karar uyarınca KırıkhanSağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ile Dörtyol Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulukapatılmıştır.08/01/2020 tarihli ve 31002 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 07/01/2020 tarihli ve 2036sayılı Cumhurbaşkanı Kararı uyarınca Bilişim Teknolojisi Yüksekokulu kapatılmıştır.Gelinen noktada, Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi bugün; 3 Enstitü, 13 Fakülte, 3Yüksekokul, 9 Meslek Yüksekokulu, 1 Araştırma Uygulama Hastanesi, 1 Konservatuvar, 23Araştırma Uygulama Merkezi ve Teknoloji Geliştirme Bölgesi ile eğitim-öğretim hayatınısürdürmektedir.