Ondokuz Mayıs Üniversitesi, 1 Nisan 1975 tarihinde 1873 sayılı Kanun'la kurulmuş ve ilk olarak 50 öğrenci ile eğitim-öğretime başlamıştır. 1973 yılında Hacettepe Üniversitesine bağlı olarak kurulan Samsun Tıp Fakültesi, 1873 sayılı Kanun'un 2. maddesi uyarınca yeni kurulan Ondokuz Mayıs Üniversitesine bağlanmıştır. Bu Yasa'nın 3. maddesi gereğince de ikinci fakülte olarak Fen ve Mühendislik Fakültesi, üçüncü fakülte olarak Yükseköğretim Kurulunun 31 Ağustos 1976 tarih ve 11.5/0 sayılı kararı ile Ziraat Fakültesi kurulmuştur.

2547 sayılı Yükseköğretim Kanununun geçici 28. maddesi gereğince 20 Temmuz 1982 tarihinde çıkarılan Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Hakkındaki, 41 sayılı Kanun Hükmündeki Kararname ile Milli Eğitim Bakanlığına bağlı yükseköğretim kurumlarının bazıları üniversitemize bağlanmış ve yeniden teşkilatlandırılmıştır. OMÜ, 2809 sayılı Kanun'un 27. maddesinin (c), (d) ve (e) bentleri 3837 sayılı Kanun'un 18 ve ek 29. maddesi ile yeniden şekillendirilmiştir.

Buna göre Üniversitemiz:

Fakülteler

Ali Fuad Başgil Hukuk Fakültesi

Bafra İşletme Fakültesi

Çarşamba İnsan ve Toplum Bilimleri Fakültesi

Diş Hekimliği Fakültesi Eğitim Fakültesi

Fen-Edebiyat Fakültesi

Güzel Sanatlar Fakültesi

Gemi İnşaatı ve Deniz Bilimleri Fakültesi

Havacılık ve Uzay Bilimleri Fakültesi

İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi

İlahiyat Fakültesi

İletişim Fakültesi

Mimarlık Fakültesi

Mühendislik Fakültesi

Sağlık Bilimleri Fakültesi

Tıp Fakültesi

Turizm Fakültesi

Veteriner Fakültesi

Yaşar Doğu Spor Bilimleri Fakültesi

Ziraat Fakültesi

Yüksekokullar

Devlet Konservatuvarı

Sivil Havacılık Yüksekokulu

Yabancı Diller Yüksekokulu

Enstitüler

Enstitüler Eğitim Bilimleri Enstitüsü

Fen Bilimleri Enstitüsü

Güzel Sanatlar Enstitüsü

Sağlık Bilimleri Enstitüsü

Sosyal Bilimler Enstitüsü

Meslek Yüksekokulları

Adalet Meslek Yüksekokulu

Alaçam Meslek Yüksekokulu

Bafra Meslek Yüksekokulu

Bafra Turizm Meslek Yüksekokulu

Ballıca Meslek Yüksekokulu

Çarşamba Ticaret Borsası Meslek Yüksekokulu

Havza Meslek Yüksekokulu

Kavak Meslek Yüksekokulu

Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu

Samsun Meslek Yüksekokulu

Terme Meslek Yüksekokulu

Vezirköprü Meslek Yüksekokulu

Yeşilyurt Demir Çelik Meslek Yüksekokulu'ndan oluşmaktadır.

Ondokuz Mayıs Üniversitesi bünyesinden ayrılan bazı birimler 3 ildeki 3 üniversiteye çekirdek teşkil etmiştir: Amasya Eğitim Fakültesi, Amasya Fen Edebiyat Fakültesi, Mesleki ve Teknik Eğitim Fakültesi ve Mimarlık Fakültesi, Amasya Sağlık Yüksekokulu, Amasya ve Merzifon Meslek Yüksekokulları 17 Mart 2006 tarih ve 26111 sayılı Resmî Gazete'de yayımlanan 4567 sayılı Kanun'la kurulan Amasya Üniversitesine bağlanmıştır. Ordu Fen Edebiyat Fakültesi, Ünye İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ve Fatsa Deniz Bilimleri Fakültesi, Ordu Sağlık Yüksekokulu, Mesudiye, Ünye ve Fatsa Meslek Yüksekokulları 17 Mart 2006 tarih ve 26111 sayılı Resmî Gazete'de yayımlanan 4567 sayılı Kanun'la kurulan Ordu Üniversitesi’ne bağlanmıştır. Sinop Su Ürünleri Fakültesi, Sinop Fen Edebiyat Fakültesi, Sinop Eğitim Fakültesi, Boyabat İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Sinop Sağlık Yüksekokulu, Sinop, Boyabat, Gerze ve Ayancık Meslek Yüksekokulları 29 Mayıs 2007 tarih ve 26536 sayılı Resmî Gazete'de yayımlanan 5662 sayılı Kanun'la kurulan Sinop Üniversitesine bağlanmıştır.

Bugün OMÜ, toplam 50189 öğrencisi, 2560 akademik personeli ve 3875 idari çalışanı ile büyük bir ailedir. Kurumsal olarak 19 fakülte, 1 yüksekokul, 12 meslek yüksekokulu, 6 enstitü, 1 konservatuvar ve 24 araştırma uygulama merkezi ile OMÜ Türkiye’nin köklü ve büyük üniversiteleri arasına girerek uluslararası bir üniversite olma yolunda emin adımlarla ilerlemektedir.