1956 yılına kadar Sağlık Bakanlığına bağlı olan hastane, aynı yıl tekrar Vakıflar Umum Müdürlüğü’ne intikal etmiştir.1933 yılında İstanbul Darülfünu’nun lağvedilmesiyle yeni bir üniversite kurulmuş bu üniversitenin üç kliniği de üniversitede kalmıştır. 1957’de Cildiye Polikliniği, 1958’de Anesteziyoloji Servisi ve Hayati Kimya Laboratuvarı, 1961’de Kadın Hastalıkları Polikliniği açılmıştır.1965 yılında yatak sayısı 300 çıkarılarak camiinin arkasındaki alana da öğrenim için amfi yaptırılmıştır. 1962 yılında hastaneye ait Çapa Kliniklerinin üniversiteye devredilmesi yoluna gidilmiştir. 21.02.1966 tarihli tapu senedi ile Çapa Klinikleri İstanbul Üniversitesi’ne devredilmiştir. Gureba Hastanesi bölümleri İstanbul Tıp Fakültesine devredildikten sonra Vakıflar İdaresi yeni bir hastane inşa edilmesi kararı almış ve 1969 yılında şimdiki mevcut hastanenin temelleri atılmıştır. Hastane 1987 yılında çoğunluğu bitmiş bir hale gelmiştir ve 1992 yılında tamamen hizmete açılmıştır. 24 Nisan 2010 tarihli ve 27561 sayılı Resmi Gazete ile 2809 sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilat Kanununa eklenen Ek 124.maddesiyle, Bezm-i Alem Valide Sultan Vakfı, Abdülhamit Sani Vakfı ve Silahtar Abdullah Ağa mazbut vakıfları adına T.C. Başbakanlık Vakıflar Genel Müdürlüğünce Bezmialem Vakıf Üniversitesi kurulmuştur. Anılan vakıflara ait tüm menkul ve gayrimenkullerin intifa hakkı Bezmialem Vakıf Üniversitesi Mütevelli Heyeti'ne verilmiştir. Dolayısıyla Valide Sultan vakfına ait olan Vakıf Gureba Hastanesi tüm eklentileriyle birlikte 25 Ekim 2010 tarihinde üniversiteye devrolarak ''Bezmialem Vakıf Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'' ismini almıştır.

Devir sonrası kurulan Üniversitemiz şu anda Fatih’teki ana yerleşkemiz, Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ve Yabancı Diller bölümünün bulunduğu Sultangazi İlhan Varank Yerleşkemiz ve Eyüp’te Sağlık Bilimleri Fakültemizin bulunduğu Eyüp Sultan Yerleşkemiz ile hizmet vermektedir.

Üniversitemizde Tıp, Diş Hekimliği ve Eczacılık bölümlerinin yanı sıra Sağlık Bilimleri Fakültesi altında Fizyoterapi ve Rehabilitasyon, Hemşirelik, Odyoloji, Sağlık Yönetimi, Beslenme ve Diyetetik, Ergoterapi bölümleri bulunmaktadır. Bunların yanı sıra Sağlık Bilimleri, Adli Tıp ve Yaşam Bilimleri ve Biyoteknoloji Enstitülerimiz yer almaktadır. Üniversitemizde Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksek Okulu’nun altında ise Ağız ve Diş Sağlığı Programı, Anestezi Programı, Eczane Hizmetleri Programı, İlk ve Acil Yardım Programı, Radyoterapi Programı, Tıbbi Görüntüleme Teknikleri Programı, Tıbbi Laboratuvar Teknikleri Programı, Patoloji Laboratuvar Teknikleri Programı, Tıbbi Dokümantasyon ve Sekreterlik Programı, Ortopedik Protez ve Ortez Programı, Optisyenlik Programı, Elektronörofizyoloji Programı yer almaktadır.

Bezmiâlem Vakıf Üniversitesi; verdiği sağlık hizmetlerinin bir parçası olarak tıbbi biyokimyadan, mikrobiyolojinin alt disiplinlerine ve genetik laboratuvarlarından patolojiye tıbbi klinik laboratuvar hizmetlerini hasta hizmetlerinin tamamlayıcı unsuru olarak sunmaktadır. Buna ek olarak, ilklerin sağlık üniversitesi olmanın yüklediği sorumluluğun gereği, sağlığın bütün alanlarında araştırmalar yapmaktadır. Fatih yerleşkemizde, temel tıp bilimleri arasında olan histoloji, fizyoloji, tıbbi biyoloji, biyokimya, mikrobiyoloji, temel eczacılık laboratuvarlarında halen TÜBİTAK ve BAP destekli pek çok araştırma projemiz yürütülmekte; bu laboratuvarlarda pek çok araştırmacı öğretim üyemiz, araştırma görevlimiz ve teknik personelimiz görev almaktadır. Bunlara ilaveten Üniversitemiz; tıp ve biyoloji alanlarında temel ve uygulamalı araştırmalar yapmak üzere Beykoz’da “Yaşam Bilimleri ve Biyoteknoloji Enstitüsü”nü kurmuştur.