Başkent Üniversitesi, Prof. Dr. Mehmet Haberal’ın 1980 yılında Türkiye Organ Nakli Yanık ve Tedavi Vakfını, 1982’de Diyaliz Merkezini, 1985’te ilk hastaneyi ve 1986 yılında Haberal Eğitim Vakfını kurmasının ardından; yükseköğretim kurumlarına olan kgereksinimi karşılamak ve çağdaş bir eğitim sistemi kurmak amacı ile 14 Eylül 1993 tarihli 515 sayılı Kanun Hükmündeki Kararnameye dayalı olarak 13 Ocak 1994 tarihli Resmi Gazetede yayınlanan 3961 sayılı Kanun ile kurulmuştur.
Üniversitemizin amacı, bilgi çağının gerektirdiği evrensel bilgiye ulaşım ve bilgiyi kullanma becerileri gelişkin; sağlık, eğitim, beşeri bilimler, hukuk, iletişim, sanat, çevre, endüstri, ticaret ve teknoloji alanlarında bilgili ve deneyimli; araştırmacı, dinamik, ülke sorunlarına duyarlı; mesleklerinde ve iş dünyasında başarılı; rekabete açık; uluslararası çevrelerle yakından ilişkili; sanatsal, kültürel ve tarihsel değerlerimize sahip çıkan; çevreye duyarlı insanlar yetiştirmektir.
1994-1995 eğitim-öğretim yılında, Tıp Fakültesi (Tıpta Uzmanlık Eğitimi), Hemşirelik Yüksekokulu ve Biyomedikal Cihaz Teknolojisi Meslek Yüksekokulu programlarında eğitim-öğretim faaliyetlerini Bahçelievler semtinde sürdürürken, aynı dönemde Ankara-Eskişehir Devlet Yolu 20. km’de, Başkent Üniversitesi Bağlıca Kampüsünün yapımına başlanmış ve 1995-1996 eğitim–öğretim yılı itibariyle hizmete açılmıştır.
Kaliteli sağlık hizmetlerinin yaygınlaştırılması ve sağlık eğitiminin ülkemizin farklı bölgelerindeki sağlık sorunlarının çözümünü de içerecek şekilde geliştirilmesi amacı ile Üniversitemize bağlı olarak kurulan Uygulama ve Araştırma Merkezlerinin ilki 1994’de İzmir’de açılmıştır.
1998-1999 eğitim-öğretim yılında Fen Bilimleri Enstitüsü bünyesinde Endüstri Mühendisliği yüksek lisans programı ile Elektrik-Elektronik Mühendisliği doktora programı açılarak üniversite bünyesinde lisansüstü eğitime geçilmiştir. Ayrıca, bu eğitim-öğretim yılının sonunda, Ankara’da Ayşeabla Koleji, Başkent Üniversitesi Kolej Ayşeabla Okulları adı ile bünyemize katılmıştır. Böylece anaokulundan, doktora derecesine kadar eğitim zincirinin tüm halkaları tamamlanmıştır.
1994 yılında başlayan eğitim-öğretim faaliyetleri Başkent Üniversitesinde; 11 Fakülte, 1 Devlet Konservatuvarı, 6 Meslek Yüksekokulu, 7 Enstitü ve Yabancı Diller Yüksekokulu ile yürütülmektedir.